前作「ゴジラvsコング」のラスト、ゴジラとの更なる抗争を避けて地底世界に移住したコングだったが、同族もおらず、髑髏島の時のイーウィス族のような心を通わせられる人間たちもいない。そして髑髏島壊滅の際にコングに救われた島の娘ジアはモナークの科学者アイリーンに引き取られて学校に通っていたが、やはり他と心を通い合わせることが出来ず孤独だった…。
そんなある日、ジアが授業中に巨大な精神波のようなものを感知してパニック状態に。教師は急ぎアイリーンに連絡を取るが、ジアの描いた三つの山のような図形を見た彼女は、連絡の途絶えたモナークの地底最前基地が最後に観測した謎の電波信号と重なることに気付く。
同じ頃、ローマのコロセウムで休眠していたゴジラもこのシグナルを受信、何かとの決戦に向けて放射性物質を摂取するため北極海へ向う。アイリーンはかつての事件で共闘したバーニーに意見を求め、彼や旧知の動物学者トラッパー、そしてジアと供に地底世界に向うことに…。
こっからの展開はもう「ちょっと書くとそれでネタバレ」という感じなので控えておくが、これって70年代の東宝怪獣インフレ路線を忠実になぞってるような気がするのはオレだけ? それからこの映画の前にもうすぐ(5月10日だ)公開の「猿の惑星/キングダム」の予告編流すの、あんまりよい趣味ぢゃない気がする。まぁ趣味でやってるわけぢゃないだろうけど。